그러나 정부는 학령인구 감소와 국가재정 효율화를 이유로 내국세 자동 연동 방식을 폐지하고, 경제성장률과 학령인구 변화 등을 반영해 교부금 총액을 산정하는 방안을 검토하고 있다.
이에 제주교총은 "이번 개편은 단순한 재정 산식 변경이 아니라 지방교육재정의 안정성과 예측 가능성을 훼손하고 교육자치를 약화시킬 수 있는 중대한 사안"이라며 "내국세 연동 구조가 폐지될 경우 교육재정이 매년 정부 재정 여건과 정책 판단에 따라 결정될 가능성이 커져 시·도교육청의 중장기 교육정책 추진이 어려워질 것"이라고 주장했다.
제주교총은 "제주에는 지역 공동체와 학생의 교육받을 권리를 위해 유지해야 하는 읍·면지역 소규모학교와 도서지역 학교가 많다"며 "학생 수만을 주요 기준으로 삼을 경우 교육활동비와 학교운영비 축소는 물론 장기적으로 학교 통폐합 압박으로 이어질 수 있다"고 밝혔다.
제주교총은 정부에 △지방교육재정교부금 내국세 20.79% 연동 구조 폐지 또는 축소 논의 중단 △학생 수뿐 아니라 학교 수·학급 수·특수교육·기초학력·노후시설·읍·면 및 도서지역 교육 여건을 반영한 재정 기준 마련 △늘봄학교·AI교육·유아교육·고등교육·평생교육 등 국가정책사업에 대한 별도 재원 확보 등을 촉구했다.
장정훈 제주교총 회장은 "교육재정은 학생 수에 따라 단순히 줄일 수 있는 비용이 아니라 모든 학생의 배움과 학교를 지키기 위한 국가의 책임"이라며 "특히 소규모학교와 농어촌·도서지역 학교가 많은 제주에서 내국세 연동제 폐지는 학교와 지역 공동체의 존립을 위협할 수 있다"고 밝혔다.
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